何炳棣大量运用近百种明清两代的进士登科录,进士三代履历,进士同年齿录和晚清若干举人和特种贡生的三代履历等鲜为人注意的科举史料。这批量化的统计资料构成了《明清社会史论》的经线,有系统地呈现明清两代间,初阶、中阶和高阶举业所造成的社会流动。何炳棣分析了进士及举贡共约四万个案例,发现这些人祖上三代为布衣出身的比例很高,甚至高达百分之四十以上,因此他认为明清时期中国具有高度的社会流动性,远远超过英国十八世纪的情形。
另一方面,何炳棣运用大量的史料,如政府律令、方志、传记、家谱、社会小说和观察当代社会与家庭事务的着作等,构成了本书研究的纬线。本书探讨个人与家庭的地位转移、社会流动的制度化和非制度化因素,以及某些社会概念与迷思。除了从明清科举观察社会流动外,也讨论了清代晚期所广泛施行的捐纳制度,如何使富与贵紧密结合,且影响力量趋强;造成平民向上流动机会大减。同时,书中不但处理向上流动,也讨论向下流动及其导因,亦有专章讨论士农工商、军民匠灶的横向水平流动,并论及社会流动的地域差异。