何炳棣大量運用近百種明清兩代的進士登科錄,進士三代履歷,進士同年齒錄和晚清若干舉人和特種貢生的三代履歷等鮮為人注意的科舉史料。這批量化的統計資料構成了《明清社會史論》的經線,有系統地呈現明清兩代間,初階、中階和高階舉業所造成的社會流動。何炳棣分析了進士及舉貢共約四萬個案例,發現這些人祖上三代為布衣出身的比例很高,甚至高達百分之四十以上,因此他認為明清時期中國具有高度的社會流動性,遠遠超過英國十八世紀的情形。
另一方面,何炳棣運用大量的史料,如政府律令、方志、傳記、家譜、社會小說和觀察當代社會與家庭事務的著作等,構成了本書研究的緯線。本書探討個人與家庭的地位轉移、社會流動的制度化和非制度化因素,以及某些社會概念與迷思。除了從明清科舉觀察社會流動外,也討論了清代晚期所廣泛施行的捐納制度,如何使富與貴緊密結合,且影響力量趨強;造成平民向上流動機會大減。同時,書中不但處理向上流動,也討論向下流動及其導因,亦有專章討論士農工商、軍民匠灶的橫向水平流動,並論及社會流動的地域差異。