我的研究興趣主要是中國近代思想史，具體來說有兩個關懷子題，一是明末清初至鴉片戰前的經世思想史，一是清末民初政治思想史: 而兩者是息息相關的，鴉片戰前思想狀況是戰後思想發展的基線。以對經世思想的理解為基礎，我在處理清末民初思想史時特別注意到傳統思維模式在近代知識份子吸收西學的過程中所扮演的角色，以及中學與西學之間的複雜關係，並進一步挖掘其他人性論、認識論、歷史觀念等思想預設。
另一個研究的興趣是結合思想史與社會史的「文化史」研究，以人類學「文化」觀念為基礎，觀察人類行為的生理基礎與文化創造的互動關係，我發現此一領域中值得做題目是俯拾即是。目前已處理過的有醫療文化與幽默史兩方面，同時也關注翻譯文化、消費文化、性文化等課題。這些題目都涉及西方文化影響之下，一個「近代中國文化」逐漸出現的過程。我相信近代思想史與文化史的研究都不是象牙塔內之裝飾品，而是對當前處境與未來發展有相當深刻的啟發性意義。
研究成果除了數十篇論文、書評及口述史之外，就是近年來陸續完成有關梁啟超、嚴復的四本專書及兩部地方志。目前本所有世界一流的設備與完全自由的研究環境，我希望未來能夠發表更多的研究成果。
黃克武、張哲嘉，《公與私：近代中國個體與群體的重建》（台北：中研院近史所，1990年6月）。
《一個被放棄的選擇：梁啟超調適思想之研究》（台北：中研院近史所專刊，1994年﹝2006年再版﹞） （簡體字版，北京：新星出版社，2006年）。
《自由的所以然：嚴復對約翰彌爾自由思想的認識與批判》 （台北：允晨文化實業股份有限公司，1998年4月） （簡體字版，上海：上海書店出版社，2000年5月）。
《第三屆漢學會議論文集：思想、政權與社會力量》（台北：中研院近史所，2002年8月）。
《第三屆漢學會議論文集：軍事組織與戰爭》（台北：中研院近史所，2002年10月）。
《第三屆漢學會議論文集：性別與醫療》（台北：中研院近史所，2002年11月）。
《畫中有話：近代中國的視覺表述與文化構圖》（台北：中研院近史所，2003年12月）。
The Meaning of Freedom: Yan Fu and the Origins of Chinese Liberalism﹙Hong Kong: The Chinese University Press, 2008﹚.
《食巧毋食飽：地方飲食文化（一）》（台北：財團法人中華飲食文化基金會，2009年）。
《民以食為天：地方飲食文化（二）》（台北：財團法人中華飲食文化基金會，2009年）。
《惟適之安：嚴復與近代中國的文化轉型》（台北市：聯經出版事業股份有限公司，2010年10月）。
黃克武、洪溫臨，《金山鄉志l政事篇》（台北：金山鄉公所，2010年）。
《遷台初期的蔣中正》（台北：中正紀念堂，2011年11月）。
〈清時板橋的開發與寺廟〉，《台北文獻》第45、46期合刊（1978年），頁387-410。
〈章太炎的早年生涯：一個心理的分析〉，《食貨月刊》第9卷第10期（1980年），頁45-51。
〈清代台灣稻作之發展〉，《台灣文獻》第32卷第2期（1981年），頁151-163。
〈欽天監與太醫院：歷代的科學研究機構〉，收入劉岱編，《中國文化新論（科技篇：格物與成器）》（台北：聯經出版事業公司，1982年），頁285-346。
〈詁經精社與十九世紀初期中國教育、學術的變遷〉，《食貨月刊》第13卷第5、6期合刊（1983年），頁70-79。
〈民國初年孔教問題之爭論，1913-1917〉，《國立台灣師範大學歷史學報》第12期（1984年），頁197-224。
〈清季重商思想與商紳階層的興起〉，《思與言》第21卷第5期（1984年），頁22-36。
〈《皇朝經世文編》學術、治體部分思想之分析 〉（台北：國立台灣師範大學歷史研究所碩士論文，1985年）。
〈經世文編與中國近代經世思想研究〉，《近代中國史研究通訊》第2期（1986年），頁83-96。
〈鴉片戰爭前夕經世思想中的槓桿觀念：以《皇朝經世文編》學術、治體部分史料為中心之分析〉，《亞洲文化》第9期（新加坡：亞洲學會出版，1987年），頁152-166。
〈錢穆的學術思想與政治見解〉，《國立台灣師範大學歷史學報》第15期（1987年），頁393-412。
〈理學與經世：清初《切問齋文鈔》學術立場之分析〉，《近史所集刊》第16期（1987年），頁37-56。
〈明清經世思想與歷史觀〉，《第二屆中西史學史研討會論文集》（台南：久洋出版社，1987年），頁223-267。
〈從申報醫藥廣告看民初上海的醫療文化與社會生活〉，《近史所集刊》第17期（下）（1988年），頁141-194。
〈從乾隆末年經世思想看清初官僚行政：《切問齋文鈔》服官、選舉部分之分析〉，《近代初期歷史研討會論文集》（台北：中央研究院近代史研究所，1989年），頁579-618。
〈近代中國笑話研究的基本構想與書目〉，《近代中國史研究通訊》第8期（1989年），頁85-94。
〈鏡花緣之幽默：清中葉中國幽默文學之分析〉，《漢學研究》第9卷第1期（1991年），頁353-399。
〈清末民初的民主思想：意義與淵源〉，《中國現代化論文集》（台北：中央研究院近代史研究所，1991年），頁363-398。
〈清代考證學的淵源── 民初以來研究成果之評介〉，《近代中國史研究通訊》第11期（1991年），頁140-154。
〈潘英著《革命與立憲》〉，《近代中國史研究通訊》第14期（1992年），頁144-148。
〈「五四話語」之反省的再反省：當代大陸思潮與顧昕的《中國啟蒙的歷史圖景》〉，《近代中國史研究通訊》第17期（1994年），頁44-55 （亦刊於蘭州大學主辦，《科學．經濟．社會》第77期﹝1999年12月﹞，頁23-28）。
〈嚴復對約翰彌爾自由思想的認識：以嚴譯《群己權界論》為中心之分析〉，《近史所集刊》第24期（上）（1995年），頁81-148（亦收入劉桂生、林啟彥、王憲明編，《嚴復思想新論》﹝北京：清華大學出版社，1999年﹞，頁86-171）。
〈解除歷史魔咒的迷思── 從《開放中的變遷》看金觀濤、劉青峰的中國近代史觀與政治思想〉，《近代中國史研究通訊》第19期（1995年），頁130-155。
〈嚴復晚年思想的一個側面：道家思想與自由主義之會通〉，《思與言》第34卷第3期（1996年5月），頁19-44（亦收入劉桂生、林啟彥、王憲明編，《嚴復思想新論》，頁261-283）。
〈嚴復與近代中國自由民主思想的傳播〉，國立政治大學文學院編，《中國近代文化的解構與重建》（台北：政大文學院，1996年5月），頁153-184。
〈梁啟超的學術思想：以墨子學為中心之分析期〉，《近史所集刊》第26期（1996年12月），頁41-90。
〈論李澤厚思想的新動向：兼談近年來對李澤厚思想的討論〉，《近史所集刊》第25期（1996年），頁425-460（亦收入《國學論衡》第2輯﹝蘭州：蘭州大學出版社，2002年﹞，頁313-355）。
〈發明與想像的延伸：嚴復與西方的再思索〉，《思與言》第36卷1期（1998年3月），頁71-97。
〈梁啟超與康德〉，《近史所集刊》第30期（1998年12月），頁101-148。
〈嚴復的翻譯：近百年來中西學者的評論〉，《嚴復與中國近代化學術研討會論文集》（福州：海峽文藝出版社，1998年），頁605-616。
〈語言、記憶與認同：口述記錄與歷史生產〉，《當代》第158期（2000年10月），頁74-82(亦刊於楊祥銀，《與歷史對話：口述史學的理論與實踐》﹝北京：中國社會科學出版社，2004年﹞，頁158-166)。
〈一二三自由日：從一個節日的演變看當代台灣反共神話的興衰〉，《一九四九年──中國的關鍵年代學術討論會論文集》（台北：國史館，2000年），頁643-677。
〈從追求正道到認同國族：明末至清末中國公私觀念的重整〉，《公與私：近代中國個體與群體的重建》（台北：中央研究院近代史研究所，2000年6月），頁59-112，（亦收入《國學論衡》第3輯﹝2004，蘭州﹞，頁373-426；《公共性與公民觀》，﹝南京：江蘇人民出版社，2006年﹞，頁40-79）。
黃克武、李心怡，〈明清笑話中的身體與情慾：以《笑林廣記》為中心之分析〉，《漢學研究》第19卷第2期（2001年12月），頁343-374。
黃克武、洪溫臨，〈悲劇的歷史拼圖──金山鄉二二八事件之探析〉，《近史所集刊》第36期（2001年12月），頁1-44。
〈思議與不可思議：嚴復的知識觀〉，習近平編，《科學與愛國：嚴復思想新探》（北京：清華大學出版社，2001年），頁247-257。
In Search of Wealth, Power, and Freedom: YAN FU and the Origins of Modern Chinese Liberalism , Ph. D Thesis, ﹙Stanford University History Department, May. 2001﹚.
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〈嚴復的異性情緣與思想境界〉，黃克武編，《思想、政權與社會力量：第三屆漢學會議論文集》（台北：中央研究院近代史研究所，2002年8月），頁97-135， （簡體字縮節版刊《福建論壇》第122期﹝2001年﹞，頁84-91）。
〈嚴復的終極追尋：自由主義與文化交融〉，劉青峰、岑國良編，《自由主義與中國近代傳統》（香港：中文大學出版社，2002年），頁201-218，（縮節版亦刊《二十一世紀》第67期﹝2001年10月﹞，頁71-76）。
〈梁啟超與中國現代史學之追尋〉，《中央研究院近代史研究所集刊》第41期（2003年9月），頁181-213。
The Reception of Yan Fu in Twentieth-Century China, editor(s): Cindy Chu and Ricardo Mak, China Reconstructs,﹙Lanham: The University Press of America, 2003﹚, pp. 25-44.
〈百年以後當思我：梁啟超史學思想的再反省2003〉，楊念群編，《新史學：多學科對話的圖景》（北京：中國人民大學出版社，2003年），頁51-71。
〈暗通款曲：明清豔情小說中的情欲與空間〉，王璦玲、胡曉真編，《欲掩彌彰：中國歷史文化中的「私」與「情」─ 私情篇》（台北：漢學研究中心，2003年），頁243-278。
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Ko-wu Huang, translated by Minghui Hu and Joshua A. Fogel, 2004, Liang Qichao and Immanuel Kant, editor(s): Joshua A. Fogel, The Role of Japan in Liang Qichao's Introduction of Modern Western Civilization to China﹙University of California: Berkeley: Institute of East Asian Studies﹚, pp. 125-155.
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〈近代中國私領域觀念的崛起與限制〉，江宜樺、黃俊傑編，《公私領域新探：東亞與西方觀點之比較》（台北：台大出版中心，2005年），頁183-201。
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〈西方自由主義在現代中國〉，黃俊傑編，《中國文化與域外文化的互動與融合》（台北：喜瑪拉雅研究發展基金會，2006年），頁341-378。
〈蔣介石與陽明學：以清末調適傳統為背景之分析〉，黃自進編，《蔣中正與近代中日關係》（台北：稻鄉出版社，2006年6月），頁1-26。
〈民不舉．官不究：從乾隆年間的一則刑案探測帝制晚期私人生活的空間〉，李長莉、左玉河編，《近代中國的城市與鄉村》（北京：社會科學文獻出版社，2006年8月），頁419-427。
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〈民國初年上海的靈學研究：以「上海靈學會」為例〉，《中央研究院近代史研究所集刊》第55輯（2007年3月），頁99-136。
〈近代中國轉型時代的民主觀念〉，王汎森編，《中國近代思想史的轉型時代》（台北：聯經，2007年12月），頁353-382。
〈還原一個真實的胡適〉，蔡登山編，《何處尋你：胡適的戀人及友人》（臺北：印刻文學，2008年），頁8-13。 〈胡適與赫胥黎〉，《中央研究院近代史研究所集刊》第60期（2008年6月），頁43-83。
〈嚴復與《居仁日覽》〉，《台灣師大歷史學報》第39期（2008年8月），頁57-74 (亦刊於黃瑞霖主編，《嚴復思想與中國現代化》﹝福州：海峽文藝出版社，2008年﹞，頁166-176)。
〈新名詞之戰：清末嚴復譯語與和製漢語的競賽〉，《中央研究院近代史研究所集刊》第62期（2008年12月），頁1-42 (日文版刊於貴志俊彥、谷垣真理子、深町英夫編《摸索する近代日中關係：對話と競存の時代》﹝東京：東京大學出版會，2009年﹞，頁99-118)。
黃克武，千葉正史譯，〈新語戰爭：清末の嚴復譯語と和製漢語との争い〉，貴志俊彥、谷垣真理子、深町英夫編編，《摸索する近代日中關係：對話と競存の時代》（東京：東京大學出版會，2009年），頁99-118。
〈中國地方飲食文化：導論〉，黃克武編，《民以食為天：地方飲食文化（二）》（台北：中華飲食文化基金會，2009年），頁1-20。
〈胡適與抗戰時中美桐油借款〉，呂一群、于麗主編編，《海峽兩岸紀念武漢抗戰七十周年學術研討會論文集》（武漢：長江出版社，2009年11月），頁347-355。
〈蔣介石與賀麟〉，《中央研究院近代史研究所集刊》第67期（2010年3月），頁17-58。
〈張謇與嚴復：清末改革派士人之異同〉，崔之青主編編，《張謇與海門—早期現代化思想與實踐》（南京：南京大學出版社，2010年12月），頁624-628。
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〈開民國西方之智、會通中西之慧──嚴復〉，張作錦、高希均編，《百年仰望：20位名人心目中的民國人物》（台北：天下文化，2011年3月），頁5-19。
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〈性與政治── 論張賢亮《男人的一半是女人》〉，《當代》第27期（1988年），頁104-109。
〈劉禾著《跨越語際的實踐：1900至1937年間中國的文學、民族國家文化與被翻譯的現代性》〉，《中國現代史書評選輯》第25輯（1990年），頁331-346 （日文翻譯：中里見敬譯，載九州大學大學院言語文化研究院言語研究會，《言語科學》第38號﹝2003年﹞，頁141-152）。
〈評《吳宓傳》〉，《明日報》（1990年11月），www.tTimes.com.tw。
〈耿雲志、崔志海著《梁啟超》〉，《近代中國史研究通訊》第21期（1996年），頁216-224。
〈馮克著《性、文化與現代化：民國時期的醫學與性控制》〉，《中國現代史書評選輯》第22輯（1999年），頁373-385。
〈思為絪醞，言乃不息：評《思與言》〉，《二十一世紀》第57期（2000年2月），頁148-150。
黃克武、李仁淵，〈柯文著《歷史中的三個基調：作為事件、經驗與神話的義和團》〉，《中國現代史書評選輯》第26輯（2001年），頁47-78。
〈莫札特式的魅力：評王汎森《中國近代思想與學術的系譜》〉，《聯合報》11月號（2003年11月）。
〈書評：Whitebread Protestants: Food and Religion in American Culture. By Daniel Sack. New York: St. Martin's, 2000. x, 262 pp〉，《中國飲食文化》第1卷第2期（2005年），頁157-161。
黃克武、張朋園，〈評介日文版《梁啟超年譜長編》〉，《近史所集刊》第48期（2005年6月），頁189-195。
黃克武，〈雷中行著《明清的西學中源論爭議》序〉，《明清的西學中源論爭議》（2009年），頁3-13。
