〈共和國裡的皇室婚禮——宣統大婚與帝制王朝的最後掙扎〉，《中央研究院近代史研究所集刊》94 (2016.12)：77-129。
〈長江圖上的線索：自然地理與人文景觀的歷史變遷〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》85.2 (2014.6)：頁269-358。
〈從馬吊到馬將——小玩意與大傳統交織的一段歷史因緣〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》80.1 (2009.3)：137-196。
〈競渡中的社會與國家——明清節慶文化中的地域認同、民間動員與官方調控〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》79.3 (2008.9)：417-496。
“Last Chapter Unfinished: The Making of the Draft Qing History and the Crisis of Traditional Chinese Historiography,” Historiography East and West 2.2 (Sept. 2004): 173-204.
〈皇帝的最後一道命令——清代遺詔製作、皇權繼承與歷史書寫〉，《臺大歷史學報》33 (2004)：161-213。
〈中國夜未眠——明清時期的元宵、夜禁與狂歡〉，《中央研究院歷史語言所集刊》75.2 (2004.6)：283-329。
〈「宗教」——一個中國近代文化史上的關鍵詞〉，《新史學》13.4 (2002.12)：37-66。
〈義理、考據與歷史重建——試論黃梨洲對陽明「心體無善無惡」說的考訂、疏通與曲解〉，《鵝湖》177（臺北：鵝湖出版社，1990），頁11-26。
〈試論唐律之加刑與減刑〉，《史繹》19 (1985)，頁5-34。
